Đặc vụ K chọn cuộc sống ẩn dật sau khi hoàn thành nhiệm vụ, trong khi đó J vẫn miệt mài cống hiến cho MIB và nỗ lực tìm kiếm cộng sự mới cho mình. Nguy cơ ập đến khi một tên tội phạm nguy hiểm từ hành tinh Kylothia đang lẩn trốn, đe dọa sự an toàn của Trái Đất và các thiên hà. Tình hình cấp bách, J quyết định đưa K trở lại tổ chức, tái hợp bộ đôi huyền thoại để chống lại kẻ thù mới.
